Pelaku usaha sebaiknya mengetahui alur proses sertifikasi halal yang telah ditetapkan oleh Badan Pengelola Jaminan Produk Halal (BPJPH) Kementerian Agama RI. Berikut ini adalah alur sertifikasi halal di Indonesia :

1. Pelaku Usaha melakukan pendaftaran melalui PTSP Halal (https://ptsp.halal.go.id) dan melengkapi persyaratan serta memasukkan produk/layanan yang akan didaftarkan; Berikut ini adalah kelengkapan data yang harus disiapkan pelaku usaha :
   • Mengisi formulir permohonan sertifikat halal dan melengkapi sejumlah dokumen
   • Menyerahkan dokumen perizinan berupa NIB atau izin usaha lainnya (NPWP/SIUP/IUMK dll)
   • Melampirkan fotokopi KTP, daftar riwayat hidup, sertifikat penyelia halal, SK Penetapan Penyelia Halal
   • Menyampaikan data nama dan jenis produk, bahan baku, bahan tambahan, dan bahan penolongnya
   • Menjelaskan proses pengolahan produk dengan bentuk flowchart proses produksi
   • Melampirkan dokumen sistem jaminan halal (SJH) HAS 23000
2. BPJPH (Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal) memeriksa kelengkapan dokumen persyaratan dan produk/layanan yang diajukan pemilik usaha. Jika sesuai akan dikirim ke LPH;
3. LPH akan menginput biaya pemeriksaan terhadap produk/layanan yang diajukan oleh Pemilik usaha untuk diterbitkan invoice oleh BPJPH. Biaya terdiri dari Biaya Pemeriksaan, Biaya Pengujian, Biaya Akomodasi;
4. Pelaku Usaha akan melakukan Pembayaran atas Invoice yang telah diterbitkan oleh BPJPH;
5. BPJPH akan memeriksa pembayaran yang dilakukan oleh Pelaku Usaha, jika sesuai BPJPH akan menerbitkan STTD (surat tanda terima pendaftaran), dan prosesnya dikirim ke LPH;
6. LPH melakukan Pemeriksaan dan/atau Menguji Kehalalan Produk yang diusulkan oleh Pemilik Usaha;
7. MUI (Majelis Ulama Indonesia) memberikan fatwa kehalalan Produk yang diusulkan oleh Pemilik Usaha;
8. BPJPH menerbitkan sertifikat Halal, dan Pelaku Usaha dapat mengunduhnya melalui aplikasi PTSP Halal (https://ptsp.halal.go.id).